沖縄総合事務局は、内閣府の地方支分部局として設置され、総務部、財務部、農林水産部、経済産業部、開発建設部、運輸部の６部と
１９の事務所から組織されており、当局採用職員のほか関係省庁から出向してきている職員等を含め、総勢８７９人（令和７年度末定員）
の職員が勤務しています。

(参考)内閣府沖縄担当部局機構図