沖縄総合事務局農林水産部の組織は、内閣府の地方支分部局として設置された沖縄総合事務局を構成する組織であり、当局採用職員のほか農林水産省から出向している職員も含めて、総勢225人（令和７年度の定員）の職員が勤務しています。